Քարտուղարությունը բաղկացած է երկու բաժիններից`
Քարտուղարության կազմում գործող ընդհանուր և տեղեկատվության բաժինն իրականացնում է հետևյալ գործառույթները`
1) Կոմիտեի ներքին և արտաքին փաստաթղթաշրջանառության իրականացման ապահովում (ստորագրված գրությունների առաքումը էլեկտրոնային փաստաթղթաշրջանառության, սուրհանդակային ծառայության համակարգերով, էլ. փոստով, փոստով կամ առձեռն տրամադրումը),
2) ՀՀ կառավարության և նախարարական կոմիտեների նիստերի օրակարգերի ստացում և ներկայացում ղեկավարությանը,
3) Կոմիտեի նախագահի և Գլխավոր քարտուղարի հրամանների հաշվառման և պահպանման իրականացում:
4) այցելուների մուտքի կազմակերպում Կոմիտե,
5) Կոմիտեում փաստաթղթերի արխիվացման և արխիվի վարման աշխատանքների իրականացում,
6) մամուլի հաղորդագրությունների և տեսության մոնիթորինգի իրականացում,
7) Կոմիտեի պաշտոնական կայքէջի տեղեկատվական սպասարկման աշխատանքների իրականացում,
8) Թեժ գծով ստացված ահազանգերի գրանցում:
Քարտուղարության կազմում գործող հանձնարարականների կատարման հսկողության բաժինն իրականացնում է հետկալ գործառույթները`
1) ՀՀ կառավարության և ՀՀ վարչապետի, փոխվարչապետերի, ՀՀ կառավարության աշխատակազմի ղեկավարի հանձնարարականների կատարման նկատմամբ հսկողության իրականացում,
2) Կոմիտեի ելից թղթակցության սրբագրման աշխատանքների իրականացում: