Վարչությունը բաղկացած է հետևյալ բաժիններից՝
1. Վարչության կազմում գործող տնտեսագիտական և գործերի կառավարման բաժինն իրականացնում է հետևյալ գործառույթները`
1) համակարգում է բնագավառի հեռանկարային, միջնաժամկետ և տարեկան զարգացման ծրագրերի կազմման աշխատանքները,
2) ՀՀ պետական բյուջեի գործընթացի կազմակերպում` միջնաժամկետ ծախսային ծրագրի /ՄԺԾԾ/ (I փուլ) և հաջորդ տարվա բյուջեի (II փուլ) հայտերի ստացում, մշակում, ներկայացում, ՀՀ քաղաքաշինության ոլորտի ուղերձի ամփոփում և ներկայացում,
3) կազմում է Կոմիտեի՝ պետական բյուջեով իրականացվող ծրագրերի Գնումների անվանացանկը և ըստ անհրաժեշտության ներկայացնում առաջարկություններ դրանում փոփոխություններ կատարելու վերաբերյալ,
4) կազմում է ՀՀ ֆինանսների նախարարություն ներկայացվող հաջորդ տարվա Կոմիտեի ծրագրերի և քաղաքականության միջոցառումների չափորոշիչները` ծրագրային բյուջետավորման ձևաչափով,
5) ապահովում է ծախսերի նախահաշիվների կազմումը:
6) ապահովում է ֆինանսական և հաշվապահական փաստաթղթերի ներմուծումը ՀՀ պետական գանձապետական համակարգ,
7) Կոմիտեի կառուցվածքային ստորաբաժանումների բնականոն աշխատանքն ապահովելու նպատակով սահմանված կարգով իրականացնում է ապրանքների և գույքի պահեստավորումը մուտքագրումը և բաշխումը,
8) նախապատրաստում և հաշվապահական հաշվառման և հաշվետվության բաժին ներկայացնում է ձեռքբերված ապրանքների, աշխատանքների և ծառայությունների վճարման փաստաթղթերը,
9) կազմում և հաշվապահական հաշվառման և հաշվետվության բաժին է ներկայացնում ապրանքանյութական արժեքների շարժի վերաբերյալ փաստաթղթերը,
10) կազմակերպում է Կոմիտեի տրանսպորտային միջոցների սպասարկման, շահագործման ու նորոգման աշխատանքները,
11) իրականացնում է հսկողություն էլեկտրասնուցման և կապի միջոցների անխափան աշխատանքի և ստորաբաժանումների կողմից այդ միջոցների օգտագործման սահմանաքանակների նկատմամբ,
12) իրականացնում է հսկողություն Կոմիտեի ստորաբաժանումների կողմից օգտագործվող գույքի, սարքավորումների, նյութերի տնօրինման, պահպանման և նպատակային օգտագործման նկատմամբ,
13) կազմում է ՀՀ ֆինանսների նախարարություն, բյուջետային հատկացումների գլխավոր կարգադրիչ հանդիսացող պետական մարմիններին ներկայացվող ՀՀ պետական բյուջեով սահմանված ծրագրերի իրականացումը բնութագրող արդյունքի ցուցանիշների կատարման մասին հաշվետվությունը,
14) կազմում է ՀՀ ֆինանսների նախարարություն, բյուջետային հատկացումների գլխավոր կարգադրիչ հանդիսացող պետական մարմիններին ներկայացվող տվյալ տարվա համար սահմանված բյուջետային և արտաբյուջետային հատկացումների սահմանաքանակների չիրացման պատճառների վերաբերյալ հաշվետվությունը,
15) կազմում է ՀՀ ազգային վիճակագրական ծառայություն ներկայացվող ամսական, եռամսյակային և տարեկան հաշվետվությունները,
16) նախապատրաստում է բաժնի գործառույթներից և խնդիրներից բխող իրավական ակտերի նախագծեր, առաջարկություններ, եզրակացություններ, դրանց վերաբերյալ մեթոդական պարզաբանումներ և ուղեցույցներ:
17) վերլուծում և կազմում է Կոմիտեի կողմից պետական բյուջեի միջոցների հաշվին իրականացվող ծրագրերի կատարման ընթացքի վերաբերյալ տեղեկատվություն,
18) մասնակցում է կոմիտեի կողմից իրականացվող գնումների գործընթացին,
19) իրականացնում է օրենսդրությամբ և այլ իրավական ակտերով սահմանված գործառույթներ,
20) կազմում և գլխավոր քարտուղարին է ներկայացնում կոմիտեի գործունեության ֆինանսատնտեսագիտական տեղեկանքներ:
2.Վարչության կազմում գործող հաշվապահական հաշվառման և հաշվետվության բաժինը իրականացնում է հետևյալ գործառույթները`
1) կազմակերպում և վարում է Կոմիտեի հաշվապահական հաշվառումը,
2) հաշվարկում է աշխատողների ամենամսյա աշխատավարձերը և դրան հավասարեցված վճարները, ինչպես նաև` գործուղման հետ կապված ծախսերը,
3) ընդունում և հաշվառում է Կոմիտեի պահպանման համար ձեռք բերված (անհատույց ստացված) ապրանքների, աշխատանքների և ծառայությունների վերաբերյալ ստորագրված և կնքված կատարողական փաստաթղթերը (ընդունման հանձնման արձանագրություն, հարկային հաշիվ, հաշվարկային փաստաթուղթ և այլն),
4) ընդունում և հաշվառում է Կոմիտեի ապրանքանյութական արժեքներին վերաբերող սկզբնական հաշվապահական հաշվառման փաստաթղթերը,
5) Կոմիտեի աշխատողների կողմից սոցիալական փաթեթից օգտվելու իրավունքի պատշաճ իրացման ապահովման նպատակով հաշվարկում և հաշվառում է սոցիալական փաթեթի շահառու հանդիսացող աշխատողների համար սահմանված գումարները,
6) ընդունում և հաշվառում է Կոմիտեի կողմից իրականացվող կապիտալ ծրագրերի շրջանակներում ձեռք բերված ապրանքների, աշխատանքների և ծառայությունների վերաբերյալ ստորագրված և կնքված կատարողական փաստաթղթերը (ընդունման հանձնման արձանագրություն, հարկային հաշիվ, հաշվարկային փաստաթուղթ և այլն),
7) հաշվառում է պետական ծառայողներին մատչելի բնակարաններով ապահովման ծրագրի շրջանակներում կնքված պայմանագրերում ամրագրված առանցքային տեղեկատվությունն ու գանձապետական համակարգի միջոցով ստացված մուտքերի/ելքերի մասին ամբողջական տվյալները և դրանց հիման վրա իրականացնում է ֆինանսական վերահսկողություն ծրագրի կազմակերպման համար պատասխանատու ստորաբաժանման նկատմամբ:
8) ՀՀ օրենսդրությամբ սահմանված կարգով ՀՀ պետական գանձապետական համակարգի միջոցով իրականացնում է վճարային գործարքներ,
9) կազմում է կոմիտեի ֆինանսական հաշվետվությունները, ինչպես նաև հաշվեկշիռը,
10) նախապատրաստում է իր գործառույթներից բխող տեղեկանքներ, միջնորդագրեր, զեկուցագրեր և ծառայողական ու այլ գրություններ,
11) իրականացնում է օրենսդրությամբ և այլ իրավական ակտերով սահմանված այլ գործառույթներ,
12) կազմում և գլխավոր քարտուղարին է ներկայացնում կոմիտեի հաշվապահական հաշվառման վերաբերյալ տեղեկանքներ:
3. Վարչության կազմում գործող գնումների կազմակերպման բաժինն իրականացնում է հետևյալ գործառույթները`
1) մասնակցում է Կոմիտեի գնումների պլանի կազմման աշխատանքներին,
2) գնումների մասին Հայաստանի Հանրապետության օրենսդրությանը համապատասխան`
ա. կազմակերպում և համակարգում է Կոմիտեի ընթացիկ ու կապիտալ ծրագրերով նախատեսված գնման առարկաների գնման գործընթացները,
բ. եզրակացություն է ներկայացնում գլխավոր քարտուղարի կողմից գնումների շրջանակում հաստատվող փաստաթղթերի վերաբերյալ,
գ. ապահովում է գնման ընթացակարգերի և դրան առընչվող փաստաթղթերի համապատասխանությունը գնումների մասին Հայաստանի Հանրապետության օրենսդրությամբ սահմանված պայմաններին,
դ. կազմում և գլխավոր քարտուղարի հաստատմանն է ներկայացնում գնման ընթացակարգերի պայմանագրերի նախագծերը և գնումների շրջանակներում տեղեկագրում հրապարակվող ծանուցումները,
ե. ապահովում է գնման ընթացակարգերի գնահատող հանձնաժողովի կողմից Գնումների մասին Հայաստանի Հանրապետության օրենսդրության պահանջների կատարումը,
զ. գնումների գործընթացին մասնակցելու իրավունք չունեցող մասնակիցների ցուցակում ներառելու հիմքեր ի հայտ գալու դեպքում գլխավոր քարտուղարին է ներկայացնում Հայաստանի Հանրապետության ֆինանսների նախարարություն ներկայացվող տեղեկատվությունը,
3) իրականացնում է Հայաստանի Հանրապետության օրենսդրությամբ և այլ իրավական ակտերով սահմանված այլ գործառույթներ,
4) կազմում և գլխավոր քարտուղարին է ներկայացնում կոմիտեի պատվիրատվությամբ կազմակերպված գնումների գործընթացի վերաբերյալ տեղեկանքներ: