Գլխավոր քարտուղարն օրենսդրությամբ սահմանված կարգով պատասխանատու է պետական մարմնի լիազորությունների իրականացման, կազմակերպական, անձնակազմի կառավարման ֆինանսատնտեսական գործառույթների իրականացման և քաղաքացիաիրավական հարաբերությունների մասնակցության համար:
Գլխավոր քարտուղարին անմիջական հաշվետու են Կոմիտեի աջակցող մասնագիտական կառուցվածքային ստորաբաժանումները:
Գլխավոր քարտուղարը`
1) առանց լիազորագրի օրենքով նախատեսված դեպքերում և կարգով հանդես է գալիս Հայաստանի Հանրապետության անունից և ներկայացնում նրա շահերը, կնքում գործարքներ, իր իրավասությանը վերապահված հարցերով տալիս է լիազորագրեր
2) օրենքով, այլ իրավական ակտերով և Կոմիտեի կանոնադրությամբ սահմանված կարգով տնօրինում է Կոմիտեին ամրացված պետական գույքը, այդ թվում` ֆինանսական միջոցները
3) օրենքով նախատեսված դեպքերում նշանակում և ազատում է պետական մարմնի համապատասխան աշխատողներին, նրանց նկատմամբ կիրառում է խրախուսման միջոցներ և նշանակում կարգապահական տույժեր
4) պետական մարմնի ղեկավարին է ներկայացնում առաջարկություններ պետական մարմնի կառուցվածքային ստորաբաժանումների և գրասենյակների աշխատանքների կազմակերպական հարցերի վերաբերյալ: